文部科学大臣杯全日本大学対抗選手権大会とは
現在は「文部科学省大臣杯全日本大学対抗選手権大会」、通称：インカレとして多くの人に認知されている本連盟の主催事業として最も歴史があり、最大の参加人数を誇る競技大会として位置づけられています。

インカレ開催までの経緯
インカレは連盟発足年に記念大会として開催されて以降、大戦前後の実質9年間の連盟活動休止期に中断がありましたが、現在に至ってもその競技大会としてのステータスは不変なものとなっています。

この価値ある競技大会が更により広く社会的認知を得るべき新たな進展を目指して第9代目会長・門田定美先生（平成4年〜平成12年）の発案により文部省との連携を模索する事になりました。
このような経緯から「文部大臣杯」を拝戴し、平成10年の第54回大会において初の文部大臣杯大会として開催することになりました。

現在は、平成13年の省庁再編により文部科学大臣杯と変更になり継続しております。

総合成績による大学対抗戦
インカレは大学対抗戦として総合成績を競い合う競技大会です。トラック種目・ロード種目の各種目での順位に得点を与え、その総合得点で大学総合優勝を目指します。

競技種目一覧（2018年〜）

種目		男子	女子
500mタイムトライアル	500mTT		◯
1kmタイムトライアル	1kmTT	◯
3㎞個人追抜	3kmIP		◯
4㎞個人追抜	4㎞IP	◯
スプリント	SP	◯	◯
ケイリン	KEIRIN	◯
オムニアム	OMNIUM	◯	◯
タンデムスプリント	TANDEM	◯
マディソン	MADISON	◯	◯
4㎞団体追抜	4kmTP	◯
チームスプリント	TSP	◯	◯
ロードレース	RR	◯	◯
	種目合計	10	7

1936年に創立記念大会として行われた大会は明治大学が総合優勝、翌年に行われた第1回大会から2回大会まで明治大学が連覇を果たしています。過去には1983年から2012年まで日本大学が驚異の30連覇を達成するなど記憶に残る戦いをみせています。
大学の名誉をかけた戦い
インカレでは各大学の所属する選手が母校の総合優勝という栄冠を目指しチーム一丸となり優勝を目指す戦いとなります。個人種目・団体種目での各選手の走りが得点につながるため、個人としてチーム（団体）への貢献度が総合優勝につながり、大学の名誉をかけた戦いは白熱します。